大切なものを守るため、私は運命に立ち向かう

西暦2100年。 宇宙に進出した人類は、月面に都市を建設し、更なる外宇宙進出を計画していた。人類の「もっと広い世界へ」という欲望はとどまるところがないように見えた。
―「それ」が現れるまでは。

天箕博士は彼の研究チームと共に原子衝突実験を行っていた。その最中、突如実験装置から放たれた二つの光が、見学をしていた博士の娘クラウ（12歳）にぶつかり、彼女の体を分解してしまう。驚く天箕博士の目の前で、光は人間の姿をかたちづくりクラウは甦ったのだった。

博士は実験を中断し、娘クラウの無事を確かめようとした。クラウは幼い娘の姿、声のままで「私はリナクス」と言う。リナクスに対し娘を返してくれと言う博士だが、クラウに宿ったリナクスはその方法がわからないと言うのだ。

「それにこの体には、もうひとつのリナクスがいる。私はそれを、守らなければならない」
もうひとつのリナクス。そのことをリナクスは「対」と呼んだ。

―それから10年後、クラウはエージェントとして日々を送っていた。そんなある日、クラウの中から一人の少女「クリスマス」が現れる。
…リナクスをめぐるドラマが今、幕を開ける。